SMA Negeri 1 Manado didirikan pertama kali bernama SMA Negeri Bagian BC Manado sesuai Surat Keputusan Ketua K.P.P.K Makassar Nomor: K.428/144/50 tanggal 31 Oktober 1950 lalu terhitung mulai 01 November 1950 dengan Kepala Sekolah H. Ch. Abutan dan Wakil Kepala Sekolah J. R. C. Supit dan Staf Tata Usahanya adalah J. P. G. Sampul . Bagian BC merupakan istilah penjurusan Sekolah Menengah Atas pada waktu itu, yakni Jurusan B (Ilmu Pasti dan Pengetahuan Alam) dan Jurusan C (Ilmu Sosial). Pada saat didirikan jumlah siswa yang ada sebanyak 30 orang ditambah dengan 30 siswa SGA Negeri Manado yang bergabung.

Pada tahun 1956 SMA Negeri Bagian BC Manado membuka filial Amurang yang sekarang menjadi SMA Negeri Amurang dengan Kepala Sekolah waktu itu adalah F. C. Mangindaan. Kemudian tahun 1957 SMA Negeri Bagian BC Manado ketambahan satu jurusan lagi yakni jurusan A (Bahasa) sehingga menjadi SMA Negeri Bagian ABC Manado. Kemudian pada bulan Juli 1959 hingga Desember 1960 Kepala SMA Negeri Bagian ABC Manado dijabat oleh David Mantik dan Wakil Kepala Sekolahnya F. Mandey, BA.

Oleh karena kebutuhan akan pendidikan SMA semakin meningkat, maka SMA Negeri Bagian ABC Manado dibagi menjadi dua yakni SMA Negeri 1 Manado dan SMA Negeri 2 Manado terhitung mulai 01 Agustus 1960 sesuai Surat Keputusan K.P.P.K Makassar Nomor: 361/SK/B.III. Kepala SMA Negeri 1 Manado pada saat itu dijabat oleh Sartono M. D. Dia pernah mengikuti pendidikan bidang studi Ilmu Alam di Amerika Serikat. Kemudian pada tahun 1962 SMA Negeri 1 Manado membuka filial lagi di Kotamobagu yang sekarang bernama SMA Negeri Kotamobagu.